La casa editrice Fazi nasce a Roma nel 1994. I primi titoli della neonata casa editrice saranno l'Arte poetica di Orazio e La caduta di Iperione di John Keats, tradotta dallo stesso Fazi. La casa editrice comincia con quindici titoli l'anno e si fa presto notare per la pubblicazione di classici italiani e stranieri di poesia e narrativa.
Il successo arriva ben presto con la pubblicazione dei romanzi inediti di John Fante. Da allora, la collana "Le Strade" diverrà negli anni un punto di riferimento per i lettori attenti alla narrativa più letteraria. Nel 1999 nasce "Le Vele", collana di autori italiani e stranieri pensata per dar voce alle scritture più nuove ed originali. Nel 2001, a partire dalla pubblicazione de La fine della libertà di Gore Vidal, si inaugura una fortunata produzione di reportage e inchieste su temi di scottante attualità. Negli anni seguenti la saggistica della collana "Le Terre" indaga inoltre campi diversi come la critica letteraria, la filosofia, la storia contemporanea, l'arte, le religioni.
La storia della casa editrice ha una svolta con l'uscita, nel luglio 2003, di 100 colpi di spazzola prima di andare a dormire di Melissa P., divenuto in poche settimane uno dei maggiori casi dell'editoria italiana recente. Il 2004 è un anno di ulteriore crescita e sviluppo di Fazi Editore con la creazione della label editoriale Lain dedicata al crossover, che oggi vanta nel suo catalogo scrittori e scrittrici di successo tra i quali spicca Stephenie Meyer.
Dagli anni Novanta ad oggi sono tanti i successi della casa editrice di via Isonzo: da Robert McLiam Wilson a Paula Fox, Stephenie Meyer, Elizabeth Strout (che nel 2009, grazie a Olive Kitteridge, vince il Premio Pulitzer), Michel Onfray, Boris Pahor, Christian Frascella e Cesarina Vighy, tra gli altri, con una produzione ricca e diversificata che segue l'ambizioso modello di una editoria a tutto tondo. Nel giugno del 2010, dall'amicizia con il teologo Vito Mancuso, nasce la collana "Campo dei fiori", diretta da Mancuso e da Elido Fazi, in cui confluiranno, a partire dal 2011, discipline tradizionalmente separate nel panorama editoriale italiano (filosofia, teologia, storia delle religioni, studi letterari), con l'obiettivo di proporsi come luogo di libera ricerca spirituale, aperto al dialogo inter-religioso.