Studiò legge e poi si impiegò a New York presso una compagnia aerea.
Amica di Truman Capote da quando aveva tre anni, fu consigliata da lui a mettere per iscritto i racconti che lei andava facendo della propria infanzia.
Lasciò il lavoro per scrivere il suo primo libro, Il buio oltre la siepe (1960), che le valse il premio Pulitzer. Dal romanzo fu tratto, nel 1962, l'omonimo film, diretto da Robert Mulligan e interpretato tra gli altri da Gregory Peck.
Nel 2006 nel film Infamous - Una pessima reputazione il suo personaggio è intrepretato da Sandra Bullock.
Nel 2007 le è stata attribuita la Medaglia presidenziale della libertà, per il suo romanzo Il buio oltre la siepe (in Italia edito da Feltrinelli) che secondo la motivazione del premio: "ha influenzato il carattere del nostro paese in meglio. È stato un dono per il mondo intero. Come modello di buona scrittura e sensibilità umana questo libro verrà letto e studiato per sempre".
Nel 2011 per Emons/Feltrinelli è stato realizzato l'audiolibro letto da Alba Rohrwacher. Nel 2015 esce Va', metti una sentinella, il sequel de Il buio oltre la siepe, pubblicato in Italia da Feltrinelli.
Harper Lee è morta il 19 febbraio 2016 a Monroeville, in Alabama, dove ha sempre vissuto.